1937年11月底，淞沪会战临近结束的时候，南京开始讨论迁都以及南京保卫战的部署。在会上，面对最高统帅“谁愿意守南京”的询问，国军高级将领鸦雀无声。因为参会的都是老军人了，所以他们倒不完全是怕死，而是都认为，在淞沪会战溃败之后，国军已经无力再像淞沪会战那样再在南京和日军死拼了，所以，在军事上说，守南京已经没有什么意义了，还不如放弃南京，直接将从淞沪战场突围出来的国军部队向南京两侧转移，做持久战的准备。
但蒋不这么认为。蒋的理由是，第一，南京是国父先总理陵寝所在地，不能一枪不放，就直接撤退，这样对不起国父；其次，南京是首都，一枪不放就撤退，会造成非常恶劣的国际影响，不利于接下来在抗战时期争取国际援助。因此，守是必须守的，但不需要死守，只要象征性的守一下，然后就可以撤退了。所以，看到高级将领临难畏避，最高统帅感到非常生气，于是说，既然大家都不愿意守，那就只有我亲自来守了！这时候，唐生智终于站起来了，表示如果没有人愿意守南京，那么他愿意来守。
实际上，按照国军统帅部在七七事变之前对中日关系和国际形势的分析判断，都认为中日战争不可避免，因此都认为必然要预先准备。但按照一二八抗战后签订的中日淞沪协定的约定，中国军队在上海不能驻扎，而且上海地势平坦，缺乏掩蔽物，也不适合进行大规模防御战。所以，国军统帅部策定第二次华东地区的中日战争应当以从江阴到乍浦为第一线，南京外围为第二线。按照这个计划，在第一线修筑了永备国防工事，进行坚强抵抗，消耗日军，如果第一线被日军突破，那么国军就要后退到第二线，依托南京外围的群山进行防御战，再以优势兵力对来犯日军进行反包围，聚而歼之。
当然，这是一个局部战争的计划，也就是说，双方都不会进行总动员，而且是在日军主动进犯国军的情况下国军进行国土防御作战。如果是这种情况，那么日军能够投入的兵力将不会太多，国军也将主要依靠中央军部队和一部分亲中央的地方部队与日军作战。而且，当时国军已经开始换装德械装备，只要完成十个军三十个师的德械装备，就有能力与日军在一场局部战争中进行顽强抵抗，并击败日军，保卫国土。
但七七事变的发生打破了这个计划，战争首先从华北地区开始，而且，为了威胁日军，国军最高统帅很快就发表了姿态强硬的谈话，将战争上升为全面战争，并且呼吁和号召全国各党各派的部队都要参战，抵抗日本侵略。但这只是姿态，统帅部的意图仍然是希望能够通过国际干预，让日军放弃已经侵占的华北地区，恢复到战前的态势。为了达成这个目标，国军抢在日军之前，率先在淞沪地区发起了对日军的攻击，日军源源不断的向淞沪地区增兵，最终日军投入的部队超过二十万人，这就不是局部战争的架势了，而是全面战争。
这样，国军统帅部原先策定的作战计划就被废弃了，变成了在一个原本不是预定战场的地方与日军进行旷日持久的消耗战。国军统帅部所期待的国际干预迟迟不来，淞沪战场的会战旷日持久，从八月中旬一直持续到了十一月初，日军不断增兵，国军消耗太大，只能不断增调援军，最终投入的兵力达到了惊人的七十万人。日军伤亡超过十万人，而国军的伤亡也达到了三十万人，嫡系中央军的精锐部队基本上被打残，地方部队中桂系部队、粤军、湘军等都损失惨重，基本失去了战斗力。
而国军统帅部因为一直对国际干预心存幻想，所以多次错过了有秩序的撤离淞沪战场的机会，一直坚持到日军从金山卫登陆之后，包抄了国军退路，数十万大军有被日军在淞沪战场围歼的危险，才被动的下达了撤退命令，从而导致数十万国军完全是无组织的溃退，也就谈不上退到原来预订的第一线防御工事再进行抵抗了，只能一口气退到南京外围，再进行收容整理，但补充和训练显然是来不及了，只能用这些残兵败将来守南京。但在部署守南京的时候，却犯了一个大错误，那就是没有安排和布置疏散南京居民。
在部署南京防御兵力的时候，原定只留八十七、八十八、三十六这三个师，以及七十四军和教导总队，总计大约十万人，这个规模显然是不足以进行决战的，只能象征性抵抗之后就撤退，但蒋在这时候又开始对国际调停抱有幻想，希望能在南京进行持久抵抗，争取国际同情，最后在国际干预之下迫使日本停战，恢复战前状态。此时让蒋心存幻想的另一个原因在于，川军、滇军等地方部队正在源源不断的向华东地区调集，所以蒋又认为有能力在南京与日军进行决战了。蒋在离开南京之前，和南京保卫战的高级将领在会上讲话，就说你们只要坚守待援，我就会带着滇军部队来增援，把日本人赶出去。
这种战略上的游移不定和机会主义思想，导致国军对南京保卫战缺乏总体性的规划，也没有疏散居民，更没有寻找合适的撤退时机，最终重演了淞沪会战的败局。从十二月初日军到达南京外围开始进攻开始，国军抵抗了一星期，到十二月十二日，南京的城防就已经在逐步被日军突破了。一直到中午两点，孙元良想率领八十七师从下关渡江逃走，还被三十六师宋希濂部堵回去了，但到了四点得到了南路日军已经向后迂回包抄了安庆、芜湖和宣城，国军向南撤退的后路又被切断了，南京卫戍司令部才下达了总撤退的命令，国军各部队再次以溃败的姿态四散逃亡。
十多万溃兵无法突围，其中的相当一部分只能换下军装，扮作平民，以求生路。比如教导总队的参谋长邱清泉和中校参谋廖耀湘，就是在总队长桂永清已经逃走之后，本想留下来掌握部队，但部队未能收拢，最终只能混在居民中间，最后寻找机会逃出南京。这也是日军在攻陷南京之后进行大屠杀的一个原因。总的来说，南京大屠杀除了必须义正辞严的谴责日军的暴虐之外，国军自身在战略战术上的游移不定和机会主义思想，都是要负一定责任的。无论是准备在南京进行决战，还是象征性抵抗之后就撤退，都应当先疏散居民，尽最大努力来保障平民的生命安全，国军却并没有这样做，不能不说是失策。
